TissueQuest（TQ）細胞級熒光定量分析平臺是針對組織原位單細胞進行自動識別及定量的軟件，用于解決熒光樣本中，不同類型細胞的細胞核/質/膜上特異性染色信號篩選。根據樣本染色情況、及細胞的形態特征，精準分析不同實驗組之間的數據差異。
TQ采用樣本導入+一鍵分析的精簡操作模式，再根據數據定量分析的結果，利用散點圖正反向回溯工具，針對樣本差異性,調整分析參數。這種反復校驗的數據獲取流程，基于強大的軟件圖像運算能力，實時得到切片所包含的大數據信息，引導研究者最終獲得反映樣本實際情況的數據結果。
細胞核識別算法
多種細胞質形態學識別模式
細胞表型原位分析
正反向回溯
FISH分析
多種數據呈現模式
在關于細胞質識別的運算過程中，TG不僅利用市場上常見的細胞橢圓擬合算法（Ring Mask），計算固定的細胞外圍輪廓，還可根據樣本中細胞質染色的真實外圍輪廓，進行獨有的marker精準識別（Growing Mask），并計算統計其多個細胞染色情況及形態學相關參數。利用兩種算法的自由組合，既實現識別算法的選擇獨立性，又達到大范圍復雜細胞多樣性的精準辨識數據真實性。
組織流式定量分析技術賦予每個細胞多個分析參數，配合Gate和Input Gate功能，可供使用者篩選特定的感興趣細胞亞群。
利用 Gate 工具根據細胞核大小、染色強度差異能夠準確篩選出有消息報，并且排除粘連細胞和細胞碎片（左側散點圖）。新建散點圖僅分析有效細胞（右側散點圖），利用 Gate 可進一步將有效細胞劃分成不同 marker 表達強度群體，簡單實現marker 表達強度準確統計。
細胞的共表達分析，一直是免疫熒光樣本中重要卻十分繁瑣的步驟，尤其是多標樣本的準確分析更是大家經常面臨的難題，在這里TG簡化分析步驟，利用流式散點圖中設GATE門進行細胞篩選的分析思路，對免疫熒光樣本拆分后的各通道細胞逐層設門、實時降維分析，最終得到目的細胞數量及原位分布等信息，精簡而高效的分析流程，再利用反向回溯功能使共標記的目的細胞群在樣本中一目了然。